Я так понимаю,Вы хотите установить систему на данный внешний HDD.Есть две проблемы:
1.Скорость обмена данными ~20 МБ/с (usb 2.0),ОЧЕНЬ мала для операционной системы.Она и грузиться полчаса(утрирую) будет,а о запуске сторонних программ...страшно подумать.
2.Вы устанавливаете Windows с диска?Она вполне может не иметь дров на usb-устройства.Может быть,ей можно их подсунуть,но вряд ли.
Самым рациональным решением будет приобретение нового HDD/SSD.
Но если уж сильно припекло...попробуйте установить образ Винды на данный жесткий(методов в интернете достаточно,я пользуюсь программой WinToFlash),и загрузиться с него,включив в биосе опцию загрузки с usb.И то не факт,что получится.Опять же,может быть проблема с драйверами..