На AVR придется делать внешний делитель и досчета не будет. У PIC микроконтроллеров таймер с предделителем уверенно считают на частотах до 30 МГц или выше, а у AVR только до единиц мегагерц. Из схем могу порекомендовать частотомер Денисова, он со светодиодными индикаторами. Прошивку лучше взять от Евгения Корабельникова, она буквально "вылизана".
Да, а в приборе кварцевый генератор термостабилизированный? Если так, то для тактирования микроконтроллера лучше использовать родной кварцевый генератор от прибора.