механический шум можно снизить за счет подушек на крепление винта, если уж хочется совсем убрать звук, то придется по возиться создав корпус для винта, понадобится обзавестись листовым аллюминием, так же не малым количеством термопасты, терпением и прямыми руками разумеется
. Ну а как конкретно это воплотить гугл подскажет. Насчет писка в звуке платы, перестановка драйвера контролера дисков поможет.