у меня таже проблема. И эта наглость уже совсем достала.
В настройках "автозагрузка" отключена.
В реестре чисто.
Через msconfig - скайпа нет вообще.
Но всё равно при загрузке системы вываливается скайп, развернутый, и весь чат наружу
(что нежелательно)