Раньше были,fdisk к примеру. Щас тоже есть,помоему Partition Magic называется(видел,как дяпчик в сервиснике пытался оживить с ее помощью старую умирающую 20-ку). Потом еще Акронис(все операции с разбиением на разделы,их обьединение,форматирование,и т.п.),ну,и конечно "Виктория" для проверки на бед-сектора.
Это обьем всего винчестера,или раздела,который не форматируется? А что,если попробовать разбить диск не на два,а на 4 раздела,и отформатировать каждый по очереди виндой,или акронисом? Тот,в котором ошибка,удалить,а потом на его месте создать еще два,и так далее,"отрезая" до тех пор,пока раздел с ошибкой не станет крошечным,и его можно будет просто не использовать,а хорошие разделы потом обьединить.