Как вариант - закрепите винчестер на 4 винта, усильте стенки корзины жесткими элементами для устранения вибрации. Если винчестер сам шумный - попробуйте поуправлять уровнем акустического шума программно, например, при помощи Victoria, однако этот способ ведет к снижению скорости работы винчестера.