MrSTEP
Постарайтесь более точно определить, какой из винтов балуется. На сайте разработчика есть CD-образ программы Victoria для старта из-под доса, запишите его на диск и проверьте последовательно винчестеры по одному, при работе программа не использует дискового пространства, так что можете смело отрубать и системный диск тоже. Под "форточками" не все функции доступны из-за ограничения доступа к дискам со стороны ОС.
Если под досом будет похожая картина на samsung-е - это не очень хорошо, конечно, но можно будет юзать его дальше, но я больше чем уверен, что зеленых секторов будет на порядок меньше. Вот на 2-ой диск внимание больше требуется, нужно будет запустить тест механики, в справке описано как это сделать.