Недавно столкнулся с такой же проблемой. После заражения проверил флешку KIS 2010. Вирусы удалил, а вместе с ними и папки. Сначала не обращал внимания, что место они по прежнему занимают. Но после очередной проверки антивирусом заметил, что он перебирает эти папки. Попытался найти их, не получилось. Тотал командер не помог. Попробовал восстановить как описал msdoser, безрезультатно. Ни скрытые, ни системные папки отображаться не стали. Есть еще способ? А то очень не хочется терять данные. Тем более не исключено, что еще не раз придется столкнуться с таким случаем.