1. совет: при установки ОСи на второй физический жесткий диск первый стОит отключать из смысла безопасности.
2. по Вашей проблеме: скорее всего проблемы с приводом, так как он просто может не считывать полностью диск, так что предлагаю Вам заменить дистрибутив/привод...