Надписи - это названия выводов микросхемы, соответствующие ее логической структуре.
В DIP есть и широкие микросхемы с 40 ножками. Есть и больше, но они в корпусах для поверхностного монтажа.
Есть более качественный программатор, работающий от USB и позволяющий перешивать микросхемы, у которых из-за неправильной настройки заблокирован режим программирования по SPI.
И да, вариантов расположения выводов для программирования существует как минимум четыре.
Удобнее предусматривать на плате разъем для перепрограммирования.