У меня как-то подобная проверка длилась часа 3-4. Но в течении первого часа ничего не менялось, потом очень долго удалял одну запись, а потом и до конца дошел. Вам, кроме подключения винта на другой комп и смены шлейфа могу посоветовать проверить на диск на битые сектора программой HDTune. Она несложная - один клик, и проверка пошла. Может затянуться, зависит от размера диска, но в случае наличия сбойных секторов она об этом сообщит