Касперским еще в безопасном режиме проверьтесь + спец.утилитами-антиавторанами.
выполните команды sfc /scannow из командной строки (win+r => sfc /scannow) и chkdsk из консоли восстановления.
Обновите Windows с установочного диска с операционной системой.
Попробуйте в Диспетчере логических дисков присвоить проблемному харду новую букву. Recovery-раздел с системой я так понимаю не создавался?