Автономные файлы были придуманы чтобы компенсировать неустойчивую работу компьютерных сетей. Эта технология весьма спорна, особенно когда дело доходит до синхронизации файлов. Зачем она Вам? Может лучше использовать RDS? Там, по крайней мере, всё надёжно синхронизировано.