Ну наверное не совсем так.
Надо рассчитывать что питание включено всегда. И программа на МК крутится.
Программатор включает сброс и хитрой последовательностью вводит МК в режим программирования, далее обменивается с МК данными для чтения-прошивки и т.д.
По окончании прошивки сброс снимается и программа стартует.
То есть надо все же рассчитывать на то, что выход программатора попадет на выход МК. И вот тут они могут "подраться" - например, МК дает на пин "0", а программатор "1". Вот тут поможет резистор между МК и программатором - чтоб ток не превысил разрешенные 20-25 мА
Ну и при составлении схемы учитывать. Если вы на линии ISP распределите, например, управление какой-то нагрузкой, то при прошивке там будут твориться чудеса. Тут как вариант - перемычки на плате - при прошивке снимать. Но это неудобно.