Вообще-то ISP работает при нахожlениии AVRки в сбросе, тогда ничего ничему не мешает. Но по окончании программирования сброс снимается, и тогда возможны конфликты.
Я всегда старался оставить эти пины свободными - потому что использовал реалтайм-отладку (хотя почему "использовал" - использую и сейчас, при поддержке старых девайсов).
Если уж пинов не хватает - ну, назначить на них что-нить некритичное. На колодку ISP вывести через резисторы ом по 100, чтоб выход с выходом не боролись...