В свойствах системы посмотрите профили пользователей. Различные сбои могут привести к невозможности использования основного профиля, и тогда при каждом входе будут создаваться временные, настройки в которых не могут быть сохранены.
Попробуйте запустить
plstfix. Он отрабатывает вслепую и требует перезагрузки. Довольно часто эта минутная процедура избавляет от проблем, подобных вашим, хотя и не является панацеей.