команда
reg - работа с реестром из командной строки, например:
reg add HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run /v название /t REG_SZ /d С:\example.bat
вроде можно так же и команды добавлять, можешь команды писать в C:\autoexec.bat, при запуске винды будут выполняться
насколько я знаю, команды для сворачивания окон нет, есть только функция WinAPI - ShowWindow {Handle, SW_HIDE}