чистить нужно обязательно , а еще лучше не засирать.
сторонним прогам не доверяю. был печальный опыт с Ccleaner, правда давно, во времена, когда винХР была в ходу.
у себя вычищаю тока временные папки(%tmp% и %temp%) и кэш браузера с помошью простенького .bat файла, т.к. они эти папки засираются постоянно и независимо от пользователя.