ГОСТ 2.702-2011 Единая система конструкторской документации (ЕСКД). Правила выполнения электрических схем
ГОСТ точно не определяет как рисовать FPGA.
Могу дать рекомендации.
Кристалл разделить на отдельные функциональные узлы (выводы питания, интерфейсные выводы и т. п.), рисовать отдельными прямоугольниками, нумеровать D1.1, D1.2 и т.д.
Точные рекомендации может дать нормоконтролёр.
На каждом предприятии могут быть свои требования.