Да, если применить 12 вольт питание, то и реле тоже нужно применить 12 Вольтовые. Очень надежные и хорошо работают реле от БУ-шных блоков бесперебойного питания компьютеров. Подогрев для вас конечно уже не подойдет, так как нагревательный тэн это уже не меньше 500 Ватт нужно. Тогда и аккумуляторы нужно хорошие от авто и заряжать в городе. Но ведь не часто бывает так, что у вас парник используется до поздних холодов, хватит наверное, и летнего периода?
Просьба, если сделаете на МК, то выложите здесь Ваш проект, хорошо? Но желательно испытанный.