В неработающей системе эти файлы легко перемещаются по пространству жёсткого диска, так что, после сжатия системного раздела, они всё равно останутся на системном разделе, а не за его пределами. Если всё пройдёт гладко, последствий никаких. Просто в этой операции есть определённый риск потери данных, поэтому рекомендуется делать бэкап важных данных на внешний носитель.