1) RGB светодиод это три обычных светодиода в одном корпусе. Так что матрица здесь аналогична матрице 4*12 обычных светодиодов.
2) Транзисторы здесь выдержат ток 15А. 13 светодиодов это 0.26А, так что добавить по одному светодиоду на канал можно без боязни что-нибудь сжечь.
3) На мой взгляд, МК с большим числом ножек гораздо удобнее пачки микросхемных корпусов, которые еще надо каким-то образом развести на плате. Кроме того, чем больше выходов расширено с помощью шифт-регистров и подобного, тем больше должна быть скорость передачи данных в эти регистры, тем больше требований к монтажу и больше проблем с наладкой.
4) А два сэкономленных выхода будут в воздухе висеть или Вы их задействуете?