Это если на диске нет раздела EFI, например от ранее установленой системы. Если такой раздел есть, то он первым проверяется (на этом разделе будет проходить поиск загрузчика), а до второго раздела FAT32 дело может и не дойти (хотя могут быть варианты). Например в моём случае, чтобы загрузка пошла со второго раздела FAT32 нужно было удалить раздел EFI. Возможно в новых прошивках UEFI (или в некоторых прошивках) по-другому.