Как проверить, высохла ли стяжка(наливной пол, бетон и проч)- в твоем случае, на проблемное место(где была самая лужа, ну или голая стяжка) надо положить на сутки(ночь)салфетку и плотно прикрыть целлофаном. Если салфетка станет влажной, то покрытие еще влажное и испаряет влагу. Так, в свое время, стяжку перед укладкой ламината проверяли - если на влажное уложишь, то покоробить может...
Пы.сы. Еще одна беда текущей крыши - вода может попасть по старый рубероид, там она хрен высохнет. Сверху все будет уже и вроде сухо, закроете новым рубероидом, а он потом вспухнет пузырем(испарение куда то должно выходить).