Тоже с такой проблемой сталкивался. Качал с файлообменников (не помню каких) файлы, точно также последние килобайты не докачивал. Через некоторое время начинал новую закачку, нажимал на паузу, копировал адрес, вставлял в первоначальную закачку и только так докачивал. Грешу на файлообменник/сервак. Интернет - выделенка СТРИМовская.