Смотря чем создана флешка и образ для неё, но большинство программ не копируют всё с установочного диска. Хотя попадалось что-то, делавшее полную копию и даже пытавшееся запустить установщики различных программ.
В большинстве случаев приходится наоборот добавлять различными методами программы в автоматический раздел установок.