Удаление файлов и параметров в реестре не могло способствовать сбою на жестком диске. Разве что если во время выполнения скриптов произошел програмный сбой. Скорее это так совпало.
Выполните
Как проверить жесткий диск на ошибки программой Victoria Перед прохождением теста поставьте галочку на
Remap. Скрин вкладки
SMART также выложите.
П.С. Это тестирование лучше производить загрузившись с любого Live CD/USB с программой Victoria наборту. Например с
этого