По большому счету - никакой. Микроконтроллеры просто в разном варианте исполнения корпуса. Программируются одинаково, только драйвера для компьютера, скорее всего, нужны разные. Преимущество платы справа в том, что можно запрограммировать чип и, вытащив его из панельки, использовать в другом самодельном устройстве. В своем роде программатор получается. С платой слева такой фокус, разумеется, не пройдет.