С вероятностью 90% быдлокод в PHP. Спросите у саппорта хостинга, как поставить в логах процессорное время затраченное на генерацию страницы. Потом ищите те страницы которые создают нагрузку и удаляйте всю ненужную хрень.
Ещё 9% я б отдал на неадекватную работу с SQL, иногда бывает что в базе хранят массивы текста и даже фото.