Если у вас Windows XP:
Я так понимаю, что у вас DOS-приложения с неправильной кодировкой.
Для исправления нужно внести изменения в реестр вручную, но можете и воспользоваться твикерами
.
Также всегда есть возможность использования внешнего руссификатора, например, rkm.com, путь к которому нужно прописывать в файле autoexec.nt.
Постарайтесь конкретизировать список приложений, легче будет локализовать проблему и найти способ решения.