Прежде чем что-то советовать, нужно сначала разобраться, какой характер носит повреждение секторов жесткого диска.
Урезать диск можно с помощью HPA, но без более полного представления о состоянии вашего девайса что-то советовать затруднительно.
Если это сбой,вызванный программным обеспечением - одни инструменты используются, если запилы - то такой жесткий диск лучше сразу списать.