Ну вот и разобрали беду.
На счет НТФС и ФАТ разницы особой нет винда ставится нормально на ту и на другую, ну а по скорости работы Хакер верно написал: НТФС быстрее работает, вдобавок инфа на ней надежнее хранится, переходи на НТФС.
и еще совет - вешай сидюк на отдельный от винта шлейф (т.е. чтоб они не на одном кабеле висели). Запросы разные, отсюда и торможение системы.
... На благо Родины