так программа выполнила очистку реестра или нет?
попробуй в безопасном режиме провериться
Бесплатная лечащая утилита Dr.Web CureIt! Ampula Software
и потом
http://z-oleg.com/secur/avz/ ( в нем есть возможность исправления ошибок)
+проверь автозапуск и почисть временные папки (больше похоже на вирусную проблему чем на реестр)