Если генератор простой переменный, с постоянными магнитами на роторе - тогда дело сложное. Тем более что сам комутатор предназначен для работы именно с переменным током. В общем если на мотоцикле нет аккумулятора, то в нём почти всю электронную часть менять прийдётся. В первую очередь делать сложный самодельный комутатор. А это уже задача для спецов. Зато вмешательства в механику минимум...
Так стоп. Фраза "Хочу поставить на охлаждение вентилятор" мне не сразу дошла. Ты хочешь цилиндр им обдувать? Так он много не ест. Можно сделать независимую цепь для питания одного вентилятора. Там тебе понадобится слабенький выпрямитель на любых быстрых диодах, выдерживающий ток вентилятора, и какой-нибудь стабилизатор на 12V. Например КР142ЕН8Б или LM7812. И будет тебе счастье.