Нет, перепишется только папка Windows. Возможно, что некоторые программы перестанут работать. Их придется переустановить.
Я наверное запутал тебя с этой консолью.... Она тебе не нужна. Вставишь установочный диск в привод, запустится мастер установки. Укажешь путь установки в раздел с существующей виндой. Нажмешь далее, на вопросы соглашайся.