Встроенное средство Windows Установка/Удаление программ зачастую работает некачественно, т.е. после удаления все равно остаются папки, в них остатки файлов, в реестре осиротевшие записи, ключи,. Все это вкупе называется проще - мусор.
1.
TuneUp Utilities 2009 - там есть функция "TuneUp Уничтожитель". Эта функция может быть прописана в контекстное меню, вызаваемоем нажатием пкм. Очень удобно удаляет все подчистую, и даже с вариантами выбора метода удаления. Есть еще программы подобного рода, например
Revo Uninstaller и другие...
2. По чистке системного реестра: она же (TuneUp) +
Registry Mechanic,
CCleaner,
AusLogics.