Ну если пустая, тогда что беспокоиться
Отображение скрытых файлов включил?
Вирусы обычно пишут себя в autoplay.inf (или как там его...), может быть это "наследие" этого самого вируса. На флэшку вирус попадает с компа, так что на компе он может и остаться.