Известные мне вирусы записывали мусор в перезаписываемую часть Flash BIOS. Сейчас вроде новые бивисы избавлены от этой напасти.
В результате было то же самое, что и при неудачной перепрошивке - компьютер не стартовал. Можно было лечить только "горячей" перепрошивкой при наличии такой же работающей матплаты.