Если имеется в виду копирование с флэшки на хард и обратно, то объяснение наипростейшее - скорость харда больше чем у флэшки. Да и скорость записи изночально на всех носителей информации всегда была больше чем скорость чтения. Все зависит от самого принципа зап/чтения. Возьмите листок бумаги и ручку, напишите на нем пару предложений и засеките за какое время вы их напишите. А теперь засеките, за сколько вы это прочитаете. Разница есть?