Смотря что за файлы. У меня КИС 2009 тоже ругается на уязвимости. Уязвимостями он считает 50% установленного у меня софта, который абсолютно безвреден. Я просто игнорирую такие сообщения. Лечу и удаляю только вируса и прочую нечисть (если по завершении проверки начинает мигать красная строка: "безопасность компьютера под угрозой").