Начнем с того, что кроме очистки, диск надо периодически дефрагментировать, хотя бы раз в месяц - это действие улучшит производительность. Если в папке, которая находится в NTFS-разделе, много файлов, открываться она будет довольно медленно, поскольку каждый раз ОС тратит время на обновление метки последнего доступа к файлам. Делаем следующее: Пуск - Выполнить - "regedit"
Ключ реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\ SYSTEM\ CurrentControlSet\ Control\ FileSystem
Создаем параметр NtfsDisableLastAccessUpdate типа DWord и присвоить ему значение 1. Для ускорения работы системы можно отключить ненужные системные службы. Заодно и памяти немного освободится, найти названия служб можно на сайте адрес которого я давал ранее; в разделе Windows XP. Отключить визуальные эффекты, что значительно ускорит систему. Почистить реестр и после очистки дефрагментировать его. Проверить компьютер на наличие вирусов. Ну вроде пока все, а там посмотрим.