А что мешает второй раздел где файлы, форматнуть стандартно (Мой компьютер, там выбрать диск шелчок правой кнопкой и выбрать из списка форматировать).А первый с виндой при установке. Или Вы хотите объеденить их в один? Тогда Acronis-ом объедените оба раздела и форматируйте при установке винды. Или опять же при установке, выберите ненужный раздел удалите и сделайте полное форматирование.