Для начала проверьте содержимое занятое место на флэш, совпадает ли занимаемый размер места файлу на флэшке. Если размеры не совпадают и довольно прилично различные, тогда они могут быть попросту скрытые. Чтоб их увидеть, можно зайти в любой папке в С
ервис-Свойства папи-Вид-Показывать скрытые файлы и папки.. Если же на накопителе действительно всего лишь один файл, тогда скачайте программу для восстановления данных BadCopyPro:
http://www.1001soft.com/soft/badcopy-3855.html
Так же не исключено, что утерянные файлы заразились вирусом, и антивирус их удалил как зараженные. Проверьте все варианты. О результатх сообщите.