Если вы не отформатируете системный раздел, Windows сотрет папку C:\Windows и установит новую копию. При этом остальные данные (вне этой папки) на диске остануться. Я считаю, что это будет неправильно и рекомендовал бы во время установки системы сделать быстрое форматирование диска, на который хотите установить систему. Во время установки программа спросит вас куда ставить Windows/ У вас будет выбор - выбираете диск, на котором стояла предыдущая система. Программа скажет, что там уже установлен Windows и предложит перезаписать и отформатировать. Для удобства делайте "Быстрое форматирование".