У меня ноут обновился до sp3 автоматом и стоит IE7 - таких проблем нет.
Думаю автору нужно копать в сторону вирусни, плюс еще какой антивирус стоит, плюс какие программы стоят и т.д.
В порядке бреда: попробуйте разрешить всплывающие окна с сайта, на котором проблемы наблюдаются. Возможно при выполнении скрипта на странице браузер блокирует созданное всплывающее окно, но не сообщает об этом.