Тут всё сложно:
Перед остановкой, ОС раскручивает CD и уснутые винты чтобы закрыть дискрипторы открытых с них файлов и выгрузить кэш. С флешками особой задержки замечено не было - только при старте ОС.
Были случаи когда тормоза происходили из-за подбитых картридеров и сетевых карт.