Проверьте жесткий диск компа на битые сектора, оперативную память и блок питания - все эти "вещи" могут вызывать подобную неисправность, но на 95% уверен что проблема в поверхности жесткого диска.
P.S. На скорую руку можно хотя-бы в БИОС посмотреть напряжения которые выдает БП (если другого для проверки нет)
Память проверь попеременным изъятием одной из планок.
P.P.S сразу не обратил внимания что десктопа два, тогда может все таки проверить с другого дистрибутива поставить?