Пробуйте запустить от имени администратора (по правой кнопке мыши команда "Запуск от имени Администратора"), независимо от прав вашего текущего пользователя. Возможно, это UAC глушит исполнение скриптов с флеш-носителя. Также, как вариант, попробуйте скопировать рабочую папку с программой с флешки на рабочий стол и запустить оттуда.