Леонтий, успокойтесь. Всё так должно и быть. В буке помимо часов (RTC) есть еще дежурка - обычно 3,3 В и 5 В. Она перестает работать если отсоединить СЗУ и АКБ.
Если хотите более точно найти источник радиосигнала, то надо померить частоту между двумя соседними гармониками - она и будет основной частотой генератора.
P.s. про способ украсть инфу, анализируя излучение ЭВМ, нам еще в институте рассказывали (30 лет назад).