В файлах *.bin записаны 3д массивы:

1) размер массива по X (int)
2) размер массива по Y (int)
3) размер массива по Z (int)

4) размер воксела по X (float)
5) размер воксела по Y (float)
6) размер воксела по Z (float)

7) 3д массив, т.е. size.x * size.y * size.z чисел (short)


Вот как можно прочитать этот файл:

std::ifstream fs("file.bin",std::ios::in | std::ios::binary);

fs.read((char*)&data_size.x,sizeof(int));
fs.read((char*)&data_size.y,sizeof(int));
fs.read((char*)&data_size.z,sizeof(int));

fs.read((char*)&scale.x,sizeof(float));
fs.read((char*)&scale.y,sizeof(float));
fs.read((char*)&scale.z,sizeof(float));

data = new short[data_size.x * data_size.y * data_size.z];
fs.read((char*)data,2*data_size.x * data_size.y * data_size.z);

fs.close();